Die Organe der Einwohnergemeinde Nennigkofen sind:
- die Gemeindeversammlung
- die Behörden (Gemeinderat und Kommissionen)
Die Stimmberechtigten wählen an der Urne die Mitglieder des Gemeinderates und der Rechnungsprüfungskommission (sofern nicht stille Wahlen durchgeführt werden). Ebenfalls an der Urne gewählt werden der Gemeindepräsident oder die Gemeindepräsidentin.
Die übrigen Kommissionsmitglieder, die Angestellten, die Beamten oder Beamtinnen werden durch den Gemeinderat gewählt.
Seit vielen Jahren tragen die Ortsparteien FdP und SP sowie parteipolitisch Ungebundene die politische Verantwortung in der Einwohnergemeinde. Der Gemeinderat umfasst 5 Mitglieder. Die politische Zusammensetzung hat sich seit Beginn der Amtsperiode 2009-2013 verändert, denn für die Erneuerungswahlen haben die beiden Ortsparteien FdP und SP eine gemeinsame, überparteiliche Liste eingereicht.
Nun wird die Einwohnergemeinde Nennigkofen per 1.1.2013 mit der Nachbargemeinde Lüsslingen fusionieren. Dies hat die Mehrheit der Stimmberechtigten am Urnengang vom 25. September 2011 so beschlossen. An der ersten Gemeindeversammlung am 26. Januar 2012 sprach sich eine Mehrheit der Stimmenden für den Gemeindenamen Lüsslingen-Nennigkofen aus. Vorbereitend auf die Fusion finden im laufenden Jahr nun vorgezogene Erneuerungswahlen des Gemeinderates und des Gemeindepräsidiums der neuen Einwohnergemeinde Lüsslingen-Nennigkofen statt.
Im Dorfteil Nennigkofen konnte die Wahl still erfolgen, im Dorfteil Lüsslingen findet am 3. Juni 2012 eine Urnenwahl statt. Die Gemeindepräsidiumswahl ist für den 1. Juli 2012 angesetzt, falls auch diese Wahl nicht still erfolgen kann.
